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ソフトウェア(X線結晶構造解析)

ライフサイエンス辞書プロジェクト

オンライン和英・英和辞書サービス。科学論文に使われる単語の使用例が豊富にある。


蛋白質核酸酵素 バックナンバー

蛋白質核酸酵素に掲載された総説が見れる。


蛋白質科学会アーカイブ

蛋白質の調製,機能解析,構造解析に関するプロトコール集。


生物工学基礎講座 − バイオよもやま話 −

日本生物工学会が公開している様々なバイオ実験や技術に関する総説シリーズ。歴史的背景,基本原理から応用までカバーされており,内容が充実している。


続・生物工学基礎講座 − バイオよもやま話 −

日本生物工学会が公開している人気総説シリーズの続編。


BioKids Wiki

結晶構造解析プログラムの使用方法に関する情報。


Crystallography on OS X

結晶構造解析プログラムをMacにインストールする方法が詳しく掲載されている。

PubMed

医学・生命科学関係の文献データベース。


UniProt

タンパク質の配列データベース。


RCSB Protein Data Bank

生体高分子の立体構造データベース。


AlphaFold Protein Structure Database

AlphaFoldによって予測されたタンパク質の立体構造データベース。

Papers

論文を管理するアプリ。論文のダウンロードと検索が簡略化されている。また原稿の引用文献リストを作成したり,そのフォーマットを整えたりするEndNoteのような機能もある。

3DNA

DNA構造のパラメーターを計算するソフト。Curvesより使いやすいかも?


CCP4

結晶構造解析用の統合プログラムスイート。これ一つでX線回折データの処理から構造決定したモデルの解析までできる。


ChimeraX

分子表示ソフト。論文・プレゼン用の作図に用いられる。使い方に一癖あるが,非常に美しい作図が可能。


COOT

モデルビルディングに用いる。CCP4にバンドルされている。


CueMol

分子表示ソフト。論文・プレゼン用の図や動画の作成に用いられる。


Curves+

DNA構造のパラメーターを計算するソフト。


Phenix

位相の決定からモデルの精密化までを行うソフト。X線回折データと結晶に関する必要最小限の情報をインプットするだけで,構造を決定するところまでほとんど自動的に計算する。


PyMOL

分子表示ソフト。主に,論文・プレゼン用の図や動画の作成に用いられる。簡単なモデルビルディングに使用している。


SHELX

重原子同形置換法(MIR法),多波長・単波長異常分散法(MAD/SAD法)に用いる。


XDS

X線回折データを処理するソフト。

便利ツール

ProtParam tool

タンパク質のアミノ酸配列から分子量や等電点などの情報を計算するサーバー。


Oligo Calc

オリゴDNAやRNAの塩基配列を元に分子量や1 ODあたりのグラム濃度を計算するサーバー。